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细菌性心内膜炎的病史通常比较模糊，更像是全身性感染，而不是心脏病。这种疾病通常由细菌感染引起，临床症状取决于所涉及的器官，这可能反映了瓣膜功能的改变。
败血症和菌血症；关节、肾脏、肌肉、心肌、肺和中枢神经系统血管栓塞性疾病的局部感染；影响关节和肾小球的继发性免疫介导疾病。心脏杂音可能出现在疾病末期。心脏杂音可能是心脏收缩或心脏舒张，其强度可能随时变化。血管栓塞可引起心肌梗死或心肌炎，导致心律失常。有些病例有左心衰竭的症状。除了心肌症状，还包括困倦、厌食、失重、间歇性发热、跛行、肌肉紧张、瘀斑或出血、呼吸困难和癫痫发作。
感染直接扩散到一个或多个关节可能导致化脓性多关节炎，或者持续的抗原刺激可能导致免疫复合物沉积在关节膜上，可能出现非化脓性(非坏死性)免疫介导的多关节炎。
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